Hari Jadi Kabupaten Pekalongan telah ditetapkan pada Hari Kamis Legi Tanggal 25 Agustus 1622 atau pada 12 Robiu’l Awal 1042 H pada masa pemerintahan Kyai Mandoeraredja, beliau merupakan Bupati/Adipati yang ditunjuk dan diangkat oleh Sultan Agung Hanyokrokusumo / Raja Mataram Islam dan sekaligus sebagai Bupati Pekalongan I, sedangkan penentuan hari dan tanggalnya diambil dari sebagaimana tradisi pengangkatan Bupati dan para pejabat baru dilingkungan Kerajaan Mataram.
Pembangunan Kabupaten Pekalongan sudah dilakukan sejak zaman Pemerintahan Adipati Notodirdjo (1879 -1920 M) di komplek Alun-alun utara no 1 Kota Pekalongan, bangunan tersebut merupakan rumah bagi para Bupati Pekalongan sekaligus sebagai tempat aktivitas perangkat pemerintahan dengan berbagai elemen masyarakat untuk bersilaturakhmi, bermusyawarah dan mencurahkan pemikiran atau unek-unek berbagai kehendak dihadapan bupati.
Proses pemindahan Ibukota Kabupaten Pekalongan diawali dengan peresmian sekaligus penggunaan Gedung Sekretariat Daerah Kabupaten Pekalongan di Kajen oleh Bupati Drs. H Amat Antono pada tanggal 25 Agustus 2001, kepindahan itu merupakan salah satu tonggak sejarah sebagai momen diawalinya Kajen sebagai Ibukota Kabupaten Pekalongan. Secara bertahap pembangunan untuk melengkapi prasarana menjadi simpul-simpul penggerakan dan pengembangan sebagai sebuah ibukota kabupaten juga telah dibangun rumah dinas Bupati dan Pendopo yang selesai bertepatan dengan hari Jum’at Pon 19 Dzulhijjah 1423 H atau tanggal 21 Pebruari 2003 yang diresmikan secara langsung oleh Menteri Dalam Negeri Bapak Hari Sabarno atas nama Presiden Republik Indonesia Ibu Hj. Megawati Soekarnoputri pada tanggal 5 April 2003. Untuk peringatan hari jadi Kabupaten Pekalongan pada tahun 2006 ini adalah merupakan peringatan hari jadi yang ke 834 tahun.
Sejarah berdirinya Pekalongan
Berdasar hasil penelusuran dan pengidentifikasian data-data historis Kabupaten Pekalongan sebagaimana tertuang dalam Buku Hari Jadi Kabupaten Pekalongan, sejarah berdirinya Kabupaten Pekalongan dapat diuraikan sebagai berikut :
a. Masa Prasejarah
Data permukiman awal dari masa prasejarah dan awal masa sejarah kuno sebagaimana ditunjukan oleh adanya peninggalan megalitik dan lingga yoni dibeberapa tempat di daerah Kabupaten Pekalongan di bagian selatan menunjukan bahwa pemukiman penduduk telah berlangsung lama dan telah mengenal sistem kemasyarakatan dan keagamaan. Sistem kemasyarakatan yang bagaimana tidak dapat diketahui pasti karena terbatasnya sumber informasi.
Beberapa peninggalan penting yang dimaksud antara lain:
- Lingga/ Yoni di Desa Telaga Pakis Kecamatan Petungkriyono.
- Yoni di Dukuh Gondang Desa Telogoindro Kec. Petungkriyono.
- Lingga di Dukuh Mudal di Desa Yosorejo Kec. Petungkriyono.
- Lingga Yoni di Dukuh Parakandawa, Desa Sidomulyo Kec. Lebakbarang.
- Yoni di Dukuh Pajomblangan Kecamatan Kedungwuni.
- Yoni di Dukuh Kaum Desa Rogoselo Kecamatan Doro.
- Yoni di Desa Batusari Kecamatan Talun.
- Archa Ghanesha di Desa Kepatihan Kecamatan Wiradesa.
- Archa Ganesha di Desa Telogopakis Kecamatan Petungkriyono.
- Batu lumpang di Desa Depok Kecamatan Lebakbarang.
- Batu Lumpang di Dukuh Kambangan di Desa Telogopakis Kecamatan Petungkriyono dan sebagainya.
Data pemukiman pada periode awal Abad masehi sampai Abad XIV dan XV sangat langka dan terbatas, sehingga sulit dipastikan pertumbuhan dan perkembangan komunitas di wilayah Pekalongan pada masa pengaruh kebudayaan Jawa Hindu berkembang di Jawa. Hal ini terjadi karena sampai masa kini belum ditemukan prasasti peninggalan tertulis yang mampu mengungkapkan kehidupan pada masa itu. Banyak ditemukan toponim, beserta tradisi lisan, berupa legenda mitos, atau cerita rakyat yang berkaitan dengan toponim, akan tetapi sulit untuk memastikan kebenaran data legenda atau
